Adapun 25 lembaga yang tidak dipindahkan ke IKN Nusantara, yakni:
1. Arsip Nasional Republik Indonesia (ANRI)
2. Badan Standardisari Nasional (BSN)
3. Badan Meteorologi, Klimatologi dan Geofisika (BMKG)
4. Badan Pengawas Tenaga Nuklir (Bapeten)
5. Perpustakaan Nasional (Perpusnas)
6. Komisi Pengawas Persaingan Usaha (KPPU)
7. Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (Komnas HAM)
8. Komnas Perempuan
9. Komisi Perlindungan Anak Indonesia (KPAI)
10. Lembaga Perlindungan Saksi dan Korban (LPSK)
11. SKK Migas
12. Badan Pengusahaan Kawasan Perdagangan Bebas dan Pelabuhan Bebas Batam (BP Batam)
13. Badan Koordinasi Penataan Ruang Nasional (BKPRN)
14. Badan Pelindungan Pekerja Migran Indonesia (BP2MI)
15. Badan Amil Zakat Nasional (Baznas)
16. Badan Perlindungan Konsumen Nasional
17. Komite Profesi Akuntan Publik
18. Badan Pertimbangan Kesehatan Nasional
19. Badan Pengawas Rumah Sakit
20. Lembaga Sensor Film
21. Akademi Ilmu Pengetahuan Indonesia
22. Konsil Kedokteran Indonesia
23. Konsil Tenaga Kesehatan Indonesia
24. Konsil Keperawatan Indonesia
25. Dewan Sumber Daya Air
(komc)
