Kepimpinan GMIM dijalankan oleh Badan Pekerja Sinode yang dipimpin oleh seorang ketua.
Berikut daftar Ketua Sinode GMIM sejak berdirinya:
Dr. E.A.A. de Vreede (1934–1935)
Ds. C.D. Buunk (1935–1937)
Ds. J.P. Locher (1941–1942)
Ds. A.Z.R. Wenas (1942–1951)
Ds. M. Sondakh (1951–1954)
Ds. A.Z.R. Wenas (1955–1967)
Ds. R.M. Luntungan (1967–1979)
Pdt. Prof. Dr. W.A. Roeroe (1979–1990)
Pdt. K.H. Rondo, M.Th (1990–1995)
Pdt. Prof. Dr. W.A. Roeroe (1995–2000)
Pdt. Dr. A.F. Parengkuan (2000 – 2005)
Pdt. Dr. A.O. Supit (2005–2010)
Pdt. P.M. Tampi, M.Si (2010–2014)
Pdt. Dr. H.W.B. Sumakul, (2014-2018)
Pdt. Dr. Hein Arina (2018-2022)
Pada tahun 2005 GMIM mempunyai sekitar 900 pendeta, 65% di antaranya adalah perempuan, yang melayani 818 gereja lokal, yang dibagi ke dalam 101 wilayah, dengan sekitar 1.050.000 anggota.
Dan saat ini GMIM terbagi atas 127 Wilayah dan 1.003 Jemaat, yang tersebar tidak hanya di wilayah Minahasa, bahkan sampai ke beberapa daerah di Indonesia seperti Jakarta, Bandung, Bekasi, Tangerang, Makassar, dan bahkan hingga ke luar negeri.
(WIKI)
