Dengan berakhirnya pertikaian Indonesia dengan Belanda, tahun 1949 berakhir pula “pertentangan” antara PMKI dengan CSV baru tersebut. Tanggal 9 Februari 1950 di kediaman Dr J Leimena di Jl Teuku Umar Nomor 36 Jakarta, wakil-wakil PMKI dan CSV baru hadir dalam pertemuan tersebut.
Maka lahirlah kesepakatan yang menyatakan bahwa PMKI dan CSV baru untuk meleburkan diri dalam suatu organisasi yang dinamakan Gerakan Mahasiswa Kristen Indonesia (GMKI) dan mengangkat Dr J Leimena sebagai Ketua Umum hingga diadakan kongres.
GMKI kemudian berkembang dengan berdirinya cabang-cabang GMKI di berbagai wilayah Indonesia. Dalam transisi kepemimpinan nasional di era Ode Lama, Orde Baru, era Reformasi dan pada masa kini, GMKI mencoba memainkan perannya sebagai wujud semangat nasionalisme dan ekumenisme.
Perubahan-perubahan tatanan organisasi baik berupa AD/ART mengalami berbagai penyempurnaan, tantangan dan pergumulan GMKI yang tertuang dalam Tema dan Sub tema dan senantiasa berubah setiap Kongres ke Kongres sesuai kondisi dan pandangan GMKI ke depan, perbaikan dan penyempurnaan sistem pendidikan kader yang tertuang dalam Pola Dasar Sistem Pendidikan Kader (PDSPK) serta format aksi pelayanan yang senantiasi dievaluasi sebagai wujud partisipasi GMKI dalam bidang eksternalnya.
Ketika di awalnya GMKI tumbuh dari kelompok-kelompok doa dan diskusi-diskusi hingga akhirnya membentuk suatu organisasi kemahasiswaan yang permanen. Kedua semangat diatas telah membawa sejarah GMKI menjadi salah satu kekuatan gerakan pro-demokrasi dalam mewujudkan nilai-nilai demokrasi, penegakan hukum dan hak asasi manusia.
Hingga saat ini, GMKI memiliki 90 cabang yang tersebar di kota-kota perguruan tinggi di berbagai provinsi di Indonesia. GMKI merupakan tempat persiapan kader dengan kompetensi dalam iman, ilmu, kepemimpinan dan kepekaan sosial yang dapat diaplikasikan dalam tiga medan pelayanannya yakni, gereja, perguruan tinggi dan masyarakat.
